biopython是python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。在linux中安装有多种方法，以ubuntu(10.04)为例：
方法一：使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。
方法二：使用easy_install安装
（1）安装python-dev，不然会出现setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
（2）安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/dist/ biopython (dist/和biopython之间有个空格)
（4） 安装numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install
还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，reportlab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。
（4）改为
download numpy1.6.1 and unpack it; using the following commands:
wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/numpy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz
tar -zxvf numpy-1.6.1.tar.gz
if the environment variable pythonpath happens to be set, unset it (you may set it again after installing numpy):
unset pythonpath
the command that unpacks numpy1.6.1 will have created a directory called “numpy1.6.1”. enter that directory and build the numpy package with the help of the fortran compiler:
cd numpy-1.6.1/
python3.2 setup.py build –fcompiler=gnu95